Neben der vollständigen Gewebeentfernung ist die Beseitigung der Keime eine wesentliche Voraussetzung für den Therapieerfolg. Neuesten wissenschaftlichen Studien zufolge ist dazu neben der Spülung mit 3%iger Natriumhypochlorit-Lösung auch die Anwendung von sog. EDTA (Ethylendiamintetraessigsäure) -Lösungen in 17%iger Konzentration, am besten geeignet. Die EDTA-Lösung führt zu einer Auflösung des sog. smear-layers, das ist eine Art Schmierschicht, die sich bei der Kanalaufbereitung bildet und die neben Zell-und Gewebsresten meist auch Bakterien enthält. Durch den Einsatz der EDTA-Lösung und der Auflösung dieser Schmierschicht, kann die Natriumhypochlorid-Lösung ihre optimale desinfizierende Wirkung entfalten, weil sie so auch möglichst alle Bereiche des zuweilen sehr komplexen Kanalsystems erreichen kann.
Durch die Anwendung von hochfrequenten Ultraschallwellen, die durch spezielle Ultraschallgeräte erzeugt und über feine Feilen in das Kanallumen übertragen werden, sind wir in der Lage die Effizienz der Desinfektionslösungen, durch die damit einhergehende Erwärmung derselben, noch zu steigern. Außerdem kommt es durch die hochfrequenten Ultraschallschwingungen, bei Frequenzen über 30000 Hz. zum sog. Kavitationseffekt, der die Bakterien im Kanalsystem zum Platzen bringt. Damit erreichen wir eine optimale Desinfektionswirkung im Kanal, für optimalen Erfolg der Behandlung.